Déclarer une absence (maladie, accident, congé paternité…)

Une absence se déclare toujours par employé. Elle sert de base au calcul des indemnités (IJ maladie ou accident, allocations APG) : une fois enregistrée, Bill Alps propose automatiquement les lignes correspondantes sur la fiche de salaire du ou des mois concernés.

Exemple en vidéo : congé paternité de 2 semaines. Les fiches de Février et Mars sont déjà créées : Bill Alps le détecte et propose de les mettre à jour automatiquement.

1. Ouvrir les absences d'un employé

Ouvrez le menu Employés dans la barre latérale.
Sur la ligne de l'employé, cliquez sur l'icône Absences (calendrier), ou ouvrez sa fiche puis la carte Absences et fichesbouton Absences.
Vous arrivez sur la page Absences de l'employé, qui liste toutes ses absences, de la plus récente à la plus ancienne. Le sélecteur en haut de page permet de passer à un autre employé.

2. Déclarer l'absence

Cliquez sur Nouvelle absence.
Choisissez le Motif (voir la liste ci-dessous).
Renseignez la Période : une date de Début (obligatoire) et une date de Fin. Laissez la date de fin vide pour une absence en cours.
Ajoutez éventuellement des Notes internes.
Cliquez sur Déclarer l'absence.

3. Choisir le bon motif

Le motif détermine le traitement fiscal appliqué (soumission aux charges sociales et à l'impôt à la source), et vous n'avez rien à cocher manuellement :

IJ maladie : avec une assurance collective d'indemnités journalières (IJM), l'employeur maintient le salaire pendant le délai d'attente, puis l'assureur verse les indemnités, exonérées de charges et imposées à l'IS. Sans assurance IJM, Bill Alps propose à la place un maintien du salaire à 100 % selon l'échelle légale de votre canton (bernoise, zurichoise ou bâloise), puis plus rien une fois ce droit épuisé.
IJ accident : le jour de l'accident et les 2 jours suivants sont à la charge de l'employeur, à 80 % du salaire et soumis aux charges (ligne Carence accident, créée automatiquement : ce n'est pas un motif à choisir). Ensuite viennent les IJ LAA (assurance-accidents) à 80 %, plafonnées à 324.80 CHF/j en 2026, exonérées de charges et imposées à l'IS.
Allocation maternité (APG), Allocation paternité (APG), Allocation adoption (APG), Allocation prise en charge (APG) et Allocation service (APG) : allocation à 80 %, max 220 CHF/j, soumise aux charges et à l'IS. Bill Alps la limite à 98 jours pour la maternité et la prise en charge, et à 14 jours pour la paternité et l'adoption ; au-delà, il ne reste que la retenue de salaire. L'allocation de service suit la durée du service, avec un minimum de 69 CHF/j. Si le canton de la fiche de salaire est Genève, la maternité suit le régime cantonal : 112 jours, de 69 à 329.60 CHF/j.
Maintien de salaire (art. 324a CO) : salaire maintenu par l'employeur, soumis normalement.
Congé court payé (art. 329h CO) : salaire maintenu à 100 %, soumis normalement.
Congé non payé : retenue de salaire sans indemnité. Les bases AVS, LPP et IS du mois diminuent, et le 13e salaire de l'année est réduit au prorata.

Chaque absence donne d'abord une ligne négative de retenue de salaire (Retenue absence), puis les lignes d'indemnité du motif.

Pour Allocation paternité (APG) et Allocation adoption (APG), une case Jours isolés s'affiche. Cochez-la si le congé est pris en jours séparés : l'APG verse alors 7 indemnités pour 5 jours de congé, 14 au maximum. Déclarez ces jours comme une seule période. La case se décoche si la période compte des semaines entières, qui correspondent à un congé continu.

Deux endroits influencent ces calculs : dans Ma sociétéSalaires, carte Absences et indemnités journalières, l'Assurance collective d'indemnités journalières maladie (IJM) et les plafonds ; sur la fiche de l'employé, carte Assurances sociales, sous Plus d'options, le Taux IJ maladie (%) (80 % si le champ est vide) et le Délai d'attente IJ (jours) (aucun si le champ est vide). Voir aussi Paramétrer la paie.

4. Surcharges (optionnel)

Si votre assureur communique des montants précis, dépliez la section Surcharges (optionnel) et renseignez :

IJ CHF/jour : l'indemnité journalière exacte. Elle remplace le taux et le plafond légal, et n'est pas réduite par une incapacité partielle. Elle ne s'applique pas à Maintien de salaire ni à Congé court payé.
Délai d'attente (j) : le nombre de jours de carence à la charge de l'employeur. Il ne concerne que le motif IJ maladie avec une assurance IJM.
Taux (%) : le taux d'indemnisation.
Incapacité (%) : pour une incapacité partielle, par exemple 50. La retenue de salaire et les indemnités sont réduites dans la même proportion. Laissé vide, ce champ vaut 100 %.

Ces valeurs remplacent le calcul proposé par défaut.

Exemple en vidéo : Jean est rattaché à la CCNT. Pour une absence maladie, un taux de 70 % et un délai d'attente de 90 jours ne respectent pas les références de la convention (minimum 80 %, maximum 60 jours) ; Bill Alps affiche les deux points à vérifier sur la fiche de salaire.

5. Mise à jour des fiches de salaire

Après la création, la modification ou la suppression d'une absence, Bill Alps compare les fiches de salaire existantes de la période aux lignes d'absence à jour :

Si une fiche ne correspond plus, un assistant l'ouvre en modification, fiche par fiche (Bulletin 1 / 2). Les lignes à jour apparaissent sous Proposés automatiquement et chaque valeur reste modifiable. Cliquez sur Enregistrer les modifications pour les garder, ou sur Passer pour laisser la fiche telle quelle.
Si la fiche est déjà validée, l'enregistrer la remet en brouillon. Pour un mois passé, si la fiche a déjà été validée, envoyée ou payée, Bill Alps propose aussi une ligne de correction sur la prochaine fiche.
Un Congé non payé peut aussi y ajouter la fiche du mois de versement du 13e salaire.
Pour un mois qui n'a pas encore de fiche, les lignes proposées apparaissent quand vous créez la fiche de ce mois avec Nouvelle fiche.
Une fiche créée avec Création groupée ne reprend pas les absences. Ouvrez-la ensuite avec Modifier pour ajouter les lignes proposées.

6. Suivi des absences

Le tableau affiche Période, Motif, Jours, Statut et Notes.
Faites évoluer le statut directement dans la liste : DéclaréeApprouvéePayée.
Filtrez par statut et par année pour retrouver une absence.

Le statut sert au suivi : il ne change pas les lignes proposées, et l'employé le voit dans son espace. La colonne Jours compte les jours calendaires et reste sans valeur tant que la date de fin n'est pas connue. Cliquez sur une ligne pour modifier l'absence, ou sur l'icône de corbeille pour la supprimer après confirmation.

7. Alertes des absences longues

Sur la fiche de salaire, Bill Alps signale certaines conséquences d'une absence. Ce sont des rappels : à vous de décider, si besoin avec votre caisse ou votre fiduciaire.

Prime LPP : si Libération des primes LPP (jours) est renseigné dans la carte Absences et indemnités journalières, Bill Alps propose une déduction réduite une fois ce délai écoulé, pendant une maladie ou un accident continu.
Congé APG : la base LPP reste au niveau contractuel normal, sauf réduction sur demande dans Modifier les montants calculés.
Allocations familiales : après le mois de début d'une incapacité continue et les 3 mois suivants, un avertissement rappelle que le droit s'éteint en principe. Vérifiez la décision de votre caisse et ajustez si besoin dans Modifier les montants calculés.
AVS : après 2 mois consécutifs sans salaire soumis à l'AVS, un avertissement signale un risque de lacune de cotisations.

Pour créer ensuite les fiches du mois, suivez Générer une fiche de salaire ou un lot.